Wraz z postępami endoskopii liczba przeciwwskazaó zmniejszyła się, nadal jednak obejmuje m.in.: brak współpracy ze strony chorego - przeciwwskazanie względne, ostre oparzenie przełyku, duże uchyłki przełyku, duże żylaki przełyku, ciężką niedomogę krążenia, napad dychawicy oskrzelowej, perforowany wrzód żołądka lub dwunąstnicy, zapalenie otrzewnej, objawy „ostrego brzucha”. Nigdy nie należy wykonywać endoskoii przyrządem z optyką boczną (gastroskopem) przy podejrzeniu zmian w pr2ełyku (guzy, uchyłki, zwężenia) bez uprzedniej kontroli radiologicznej. Przy użrciu fiberoendoskopu z optyką osiową lub skośną przeciwwskazania te stają s[ę względne, gdyż niebezpieczeństwa towarzyszące badaniu mogą być za pomocą takich przyrządów w porę dostrzeżone. Przygotowanie pacjenta. Pacjent do badania musi być na czczo. Większość dzieci starszych, zwłaszcza tych, które przebyły uprzednio sondowanie żołądka lub dwunastnicy i z którymi lekarz nawiązał właściwy kontakt, nie potrzebuje żadnej premedykacji.