Pokój zabiegowy powinien być zaciemniony i słabo oświetlony sztucznym światłem. Pacjenta układa się na lewym boku z niewielką poduszką pod głową tak, aby głowa znajdbwała się w osi ciała. Poduszka powinna być pokryta plastykiem, aby nie nasikała w czasie badania śliną lub żółcią i aby łatwo ją było po zabiegu umyć. Pielęgniarka zabiegowa staje z tyłu z pacjentem i przytrzymuje jego głowę. Lekarz wykonujący zabieg staje przed chorym. W usta pacjenta wkłada się plastykowy pierścień ochronny. W tym momencie poleca się choremu równo i głęboko oddychać. Teraz przystępuje si do wprowadzenia endoskopu do przełyku. Głowicę przytrzymuje asystent, a badający prawą ręką wprowadza końcówkę fiberoskopu do gardła. Gdy końtówka znajduje się w okolicy krtani, poleca się choremu wykonać ruch połylaiia i w tym momencie lekko wsuwa się przyrząd do przełyku pokonując pietwszą jego cieśń. Przez cały czas należy kontrolować, aby pacjent nie odchylał głowy zbytnio ku tyłowi. Ta faza zabiegu odbywa się z reguły bez konto1i wzroku. Po pokonaniu pierwszej cieśni przełyku przesuwanie się wzdłuż przełyku musi się odbywać pod kontrolą wzroku. Widoczność w przełyku jst z reguły dobra i nie wymaga zbyt intensywnej insuflacji powietrza.